Natura 2000 betreft Europees beschermde natuur, in uitvoer van de Europese Vogelrichtlijn(1979) en Habitatrichtlijn (1992). Zij hebben tot doel het beschermen en herstellen van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna, waarbij de nadruk ligt op habitats en soorten die op het Europese niveau bedreigd zijn.
De Grotten van Neptunus en hum omgeving liggen in het natura 2000 gebied N° BE 35030 ‘ La Calestienne entre Frasnes et Doische’. We vinden hier onder andere een inheems bos van grote biologische waarde, onder de vorm van een Kalk-beukenbos;
Meerdere planten en dieren van communautair belang ( Natura 2000- soorten) zijn hier te vinden: de muurhagedis, de rivierdonderpad, een vis die van de stroming van de rivier l’Eau Noire ‘houdt, vogels zoals de zwarte specht en de wespendief in het bos of de ijsvogel aan de rivier, vleermuizen zoals de grote en kleine hoefijzerneus, de Berchsteins vleermuis,( zie recensement plecotus)….die jagen in het bos of de bosrand en hun winterslaap houden in de grot.
Natuurlijke habitats.
De kalk-beukenbossen zijn gekarakteriseerd door een eigen typische flora : naast de beuk vindt je hier een hele reek typische flora : stinkend nieskruid ( helleborus foetidus), gele kornoelje ( cornus mas), bosbingelkruid ( mercurialis perennis), sterhyacint ( scilla bifolia), orchideeën…In deze habitat is het behouden van een hoeveelheid dood hout van belang voor een groot aantal soorten zoals bijvoorbeeld de spechten.
De rivier, l’Eau Noire, lokt vele soorten insecten en vissen. Op zijn oevers jaagt de kwikstaart.
De kalkrotsen, die in België hoofdzakelijk in de valleien van het Maasbekken voorkomen, bezitten een flora die aangepast is aan de typische warmte-en droogte omstandigheden van de ondergrond, zoals verschillende soorten grassen en muurbloemen
Bovenop de kalkrosten bevinden zich enkele droge kalkgraslanden. Hier is slechts weinig bodem aanwezig . Het is een paradijs voor specifieke kruidachtigen zoals kleine of wilde tijm ( thymus serpyllum), zonneroosje ( hélianthemum), en sommige zeldzame planten zoals bepaalde orchideeën o.a. de mannetjesorchis ( orchis mascula). Dit natuurlijke mileu moet regelmatig gemaaid worden of er moet op gegraasd kunnen worden, om het terugkeren van een bosvegetatie te voorkomen.
